L’antiga casa trinitària d’Avinganya es troba a dos quilòmetres al sud de Seròs, a la comarca del Segrià. El nom d’Avinganya prové del senyor àrab Yahya Ibn Ganiya, que al segle XI explotava una fèrtil finca vora el Segre. Arran de la conquesta de Lleida l’any 1149, aquella propietat islàmica va ser lliurada a Pere de Bellvís. A les acaballes del segle XII, el futur Sant Joan de Mata fundà l’orde de la Santíssima Trinitat amb l’objectiu de redimir els captius de l’Islam. Pere de Bellvís va donar Avinganya per crear la primera casa trinitària de la península Ibèrica. L’any 1201 Sant Joan de Mata consagrà l’església.
La tasca de redempció de captius de l’orde trinitari va originar una greu crisi econòmica a Avinganya. A causa d’això, l’orde es va veure obligat a tancar alguna de les seves cases. Aleshores, la família Montcada, senyora del Baix Segre, es va fer càrrec de la fundació religiosa per tal de poder salvar la casa trinitària. El 1250, Constança de Montcada, germanastra de Jaume I, fundà a Avinganya el primer monestir trinitari femení de la Península. A partir d’aleshores, els Montcada convertiren el monestir en el seu panteó i hi efectuaren importants modificacions.
Al segle XVI, una nova crisi va afectar el monestir d’Avinganya i la comunitat es va veure reduïda a dues monges. Aleshores, l’orde trinitari va instal·lar novament una comunitat masculina al monestir. Aquest fet comportaria altres reformes a l’edifici per adaptar-lo a les noves necessitats, entre les quals hi havia la creació d’un noviciat i la construcció del campanar, del claustre i dels edificis laterals, que encara resten en peu i que donen l’aspecte actual a l’antiga casa trinitària.
Al segle XIX, durant la guerra del Francès, el monestir fou destruït totalment. Amb la desamortització dels béns eclesiàstics, passà a mans particulars a partir del 1835. Les conseqüències de la desamortització foren nefastes per a la conservació de l’edifici, el qual restà abandonat i ruïnós.
El 1936, la finca i el monestir van ser subhastats com a resultat de l’embargament de la propietat per un deute de contribució. L’advocat Manuel Herrera, en nom de la Comissaria de la Generalitat, l’adquirí per 3.333,34 ptes, encara que no en va transmetre la propietat a la Diputació de Lleida fins al 14 de març de 1940.
El 1986, la Diputació de Lleida i la Generalitat de Catalunya van iniciar el procés de recuperació de la vella casa trinitària d’Avinganya, rehabilitant completament el temple i la meitat del claustre. Al mateix temps, el Servei d’Arqueologia de l’IEI va desenvolupar el projecte de recerca arqueològica del monument.
El 1996, la junta rectora de la Fundació Pública Institut d’Estudis Ilerdencs de la Diputació de Lleida constituí el Centre d’Arqueologia d’Avinganya, adscrit al Servei d’Arqueologia de l’IEI. Actualment, el Centre d’Arqueologia d’Avinganya desenvolupa una tasca de divulgació de l’activitat arqueològica dirigida a tots els cicles educatius i al públic en general.